Die FMH setzt sich dafür ein, dass alle Patientinnen und Patienten in der Schweiz Zugang zu qualitativ hochstehender und finanziell tragbaren medizinischen Leistungen haben – Im politischen Entscheidungsprozess macht sich die FMH für eine ausgewogene Vertretung der Interessen ihrer Mitglieder stark und fördert die Zusammenarbeit zwischen den verschiedenen Akteuren des Schweizer Gesundheitssystems.
Voraussetzung für eine Mitgliedschaft bei der FMH ist ein eidgenössisches oder gleichwertiges Arztdiplom. Ordentliche Mitglieder erwerben gleichzeitig die Mitgliedschaft in einer der Basisorganisationen. Diese umfassen 24 kantonale Ärztegesellschaften, den Verband Schweizerischer Assistenz- und Oberärztinnen und -ärzte vsao und den Verein der Leitenden Spitalärzte der Schweiz VLSS.