La FMH n’est pas seulement l’association professionnelle du corps médical suisse, elle est aussi l’organisation faîtière de 26 organisations dites de base, à savoir les sociétés cantonales de médecine, l’Association suisse des médecins-assistant(e)s et chef(fe)s de clinique (ASMAC) et l’Association des médecins dirigeants d’hôpitaux de Suisse (AMDHS). Les médecins qui adhèrent à la FMH deviennent simultanément membres de l’une des organisations de base compétentes. Parallèlement, la FMH reconnaît une société de discipline médicale pour chaque spécialité.

Au sein de la FMH, différents organes assument les fonctions et les tâches requises pour une politique associative réussie. Les compétences sont réglées dans les Statuts de la FMH.