Già nel 1788 dei medici illuministi fondarono la prima organizzazione professionale svizzera, la «Helvetische Gesellschaft correspondierender Ärzte und Wundärzte». In seguito alla cantonalizzazione della politica sono nate altre associazioni professionali: nel 1805 nel Canton Argovia, nel 1809 nel Canton Berna, nel 1810 nel Canton Zurigo, ecc.

La prima società intercantonale, la «Société médicale de la Suisse romande», è stata fondata nel 1867. 

Tre anni più tardi, è stata seguita dalla «Ärztlichen Central-Verein der Schweiz», risultata dalla fusione regionale delle società mediche della Svizzera tedesca e dell’organizzazione dei medici della Svizzera italiana. Queste due società intercantonali si unirono nel 1901 nella più grande organizzazione medica della Svizzera, la «Federazione dei medici svizzeri». Questa assunse maggiore importanza nel 1920 in seguito a una revisione dello Statuto e alla pubblicazione di un proprio giornale professionale, il «Bollettino dei medici svizzeri». Nel 1923, con la creazione di un segretariato generale, la FMH ha creato le basi per un’organizzazione dei medici svizzeri, rappresentativa ed efficiente.